Der er tale om centralisering omkring hovedstaden, mener kritikerne. I følge det seneste udkast til konklusioner er der tale om en dramatisk ændring af kommunernes og amternes størrelser og ansvar.

Der lægges op til blot tre til seks store regioner, som primært skal drive landets sygehuse i stedet for amterne, mens kommunerne der i fremtiden skal have minimum 30.000 indbyggere, vil få overdraget et stort antal offentlige opgaver.

Fremtrædende jyske politikere frygter, at al for megen magt dermed vil blive samlet i hovedstadsområdet, og VK-regeringens egen sundhedsekspert, Kjeld Møller Pedersen, kalder strukturkommissionens udspil for vrøvl.